Абхазский государственный университет был создан на базе Сухумского госпединститута, открытого в 1932 году. Вся история университета неотделима от жизни страны, проводившихся в ней преобразований.
Раскол университета по национальному признаку и развал Советскогo Союза, Отечественная война народа Абхазии, послевоенная блокада и сопровождавшая ее ограниченность материальных и интеллектуальных ресурсов стали для коллектива тяжелым испытанием. В это сложное время огромную поддержку АГУ оказал Московский Государственный университет имени Ломоносова и лично ректор В.А. Садовничий. Студенты Абхазского университета, оказавшиеся вне своей страны, его решением были приняты в МГУ, а многим преподавателям предоставлены рабочие места.
С 2006 года АГУ имеет статус автономного национального университета, функции учредителя которого выполняет Президент Республики Абхазия. Это открыло университету новые возможности для развития образовательных и научных направлений деятельности. Сегодня Республика Абхазия признана Россией и рядом других государств, становится субъектом международного права. Благодаря российской помощи, университет активно восстанавливает материально-техническую базу.